1991년 3월 22일 고 배종근 교수, 김윤태 교수, 윤정일 교수가 팔레스호텔에서 만나 학회 결성의 필요성을 논의하였으며, 이후 관련 학자들의 동의를 모아 창립총회를 갖기에 이르렀다. 1991년 4월 12일 서울대학교 호암생활관에서 교육재정 경제학회 창립총회를 갖고 회칙통과 후 초대 회장에 고 배종근 교수, 부회장에 김윤태 교수를 선출하였다.

본 학회는 창립 당시 30여명의 회원으로 출발하였으나 2001년 6월 현재 회원수가 개인회원과 기관회원을 포함하여 200여명에 이르고 있으며 양적으로나 질적으로 꾸준한 발전을 이룩해 왔다. 학술활동에 있어 최근의 학문적 동향에서부터 주요 현안이 되고 있는 교육재정 경제분야의 정책 문제에 이르기까지 다양한 주제를 선정하여 연 1회의 연차대회, 3회의 정기 학술대회 등을 개최해 왔으며, 비정기적으로 워크숍을 개최하여 단위학교 및 교육행정의 현장에 도움을 주고 있다.

또한 미래지향적 학회발전을 위한 노력의 일환으로 1999년 연차대회에서 학회 공식 표기를 "한국교육재정경제학회'로 개정하고 모든 한자 관련 제호를 한글제호로 변경하였다.

1992년 본 학회는 학술지 "교육재정 경제연구'를 창간한 이래, 매년 6월과 12월에 정기적으로 발간해 왔으며, 우수한 논문의 게재를 위한 엄격한 심사를 실시하고 있다. 1999년부터는 학술지의 명칭을 "교육재정경제연구'로 명칭을 바꾸었으며, "교육재정경제연구'는 1999년 12월에 한국학술진흥재단 등재후보학술지로 선정되어 학술지의 권위를 인정받고 있다. 또한 1993년 학회 소식지인 한국교육재정 경제학회 소식 (현재는 "한국교육재정경제학회 소식)이 창간된 이래 연 2회 발간되고 있다.

본 학회는 2000년 2월 학교재무관리의 이론과 실제'라는 단행본과 2001년 12월 교육재정경제학 백과사전을 발간하였다.